ディストリビューションウィザードでインストール時に任意のフォルダ(ディレクトリ)を作成しファイルをそこにインストールする方法

を調べました。といってもVisualStudio6.0です。
まず、普通にパッケージを作っていって、プログラム作成時にプロジェクトディレクトリの下に掘ったところに作成した設定や表示に使用するファイルも、通常通り追加していきます。
そして、セットアップ先と書かれたページまで来たら、Excelシートっぽい表示の右側を見ると、セットアップ先という事で$(AppPath)などと書かれています。
それを$(AppPath)\settingのように追加する形で書くことで、インストール時にディレクトリが作成され、そこにコピーされます。